Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) DNA/RNA - for BISPEBJERG Hosp.

Slettet dokument


	1)	Indikation
	2)	Rekvisition
	3)	Prøvemateriale
	4)	Prøvemedie/prøvetagning
	5)	Transport/holdbarhed
	6)	Svartid
	7)	Analyse
	8)	Analysesvar samt tolkning
	9)	Princip for analysen
	10)	Konfirmation
	11)	Vejledning/rådgivning
	12)	Sensitivitet/specificitet
	13)	Kvalitetskontrol
	14)	Måleområde
	15)	CE mærkning/akkreditering
	16)	Andre oplysninger
	17)	Baggrund
	18)	Litteratur

1)	Indikation Obs infektion med SARS-CoV-2

2)	Rekvisition Best/Ord: 32076 Undersøgelse: Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) DNA/RNA Materiale: Ekspektorat, trakealsekret, BAL, nasopharynxsekret, podning Lokalisation (podning): Svælg, næsesvælgrum (nasopharynx)

3)	Prøvemateriale Oro-/Nasopharyngeal podning, trakealsekret, ekspektorat og BAL

4)	Prøvemedie/prøvetagning Oro- og/eller nasopharyngeal podning tages i et af følgende rør: E-swab UTM CONEST Meditec NEST Benyt IKKE Aptima/Hologicrør. Materiale fra trakealsekret sendes i sterilt spidsglas Se i øvrigt utensilieoversigt for Bispebjerg Hospital

Transport/holdbarhed

Prøven skal transporteres ved stuetemperatur til Klinisk Biokemisk Afdeling, Bispebjerg og Frederiksberg Hospital umiddelbart efter prøvetagning. Hvis prøven opbevares inden transport, skal den opbevares ved 4° C.

På laboratoriet kan prøven opbevares ved:

Stuetemperatur: 8 timer

4° C: 24 timer

-20°/-80° C: 1 uge

6)	Svartid Detektion af SARS-CoV-2 udføres alle dage. Der er svar senest seks timer efter prøvens ankomst til laboratoriet. Prøver ankommet til laboratoriet inden 19:00 i hverdagene og inden 18:15 i weekenden vil have svar samme dag under antagelse at prøven ikke skal genkøres.

7)	Analyse SARS-CoV-2 detektion via RT-qPCR

8)	Analysesvar samt tolkning Påvist – Indikerer infektion med SARS-CoV-2 Ikke påvist – SARS-CoV-2 smitte ikke detekteret i prøven Inkonklusiv – Ikke nok prøvemateriale til stede til at give et klart svar. Ny prøve skal indsendes

Princip for analysen

Detektion af SARS-CoV-2 udføres med det kommercielle assay "CoviDetect COVID-19 Multiplex RT-qPCR" fra Pentabase. RT-qPCR bliver kørt på Bio-Rad CFX96 Real-time system C1000 Touch Thermal Cycler. Der bliver brugt RT-qPCR til at amplificere tre specifikke områder af genomet med en DNA polymerase. Til detektion benyttes sekvensspecifikke fluorescerende prober, der udsender lys hvis prøven indeholder den specifikke sekvens. Der undersøges for to områder i SARS-CoV-2 nukleokapsidproteingenet til detektion af SARS-CoV-2. Derudover undersøges der også for et område i human RNAse P som en intern kontrol for at sikre at podningen og analysen er fuldført korrekt.

10)	Konfirmation Analysen konfirmeres ikke. Dog videresendes positive prøver til HH KMA 445 med henblik på sekventering.

11)	Vejledning/rådgivning Covid-team, Klinisk Biokemisk Afdeling Bispebjerg: 2917 4406 Hverdage: 7:45-19:00 Weekend: 09:00-19:00 For dybdegående spørgsmål: Vagthavende mikrobiolog Hvidovre KMA: 3862 6443

12)	Sensitivitet/specificitet Limit of detection: 5 kopier af RNA/µL

13)	Kvalitetskontrol Intern QC: Positiv og negativ kontrol medtages i hver PCR-kørsel og skal godkendes før besvarelse

14)	Måleområde Ikke relevant

15)	CE mærkning/akkreditering CoviDetect™ COVID-19 Multiplex RT-qPCR Assay fra Pentabase er CE-mærket. EN15189 Akkrediteret: Nej

16)	Andre oplysninger

17)

Baggrund

SARS-CoV-2 (svær akut respiratorisk syndrom coronavis-2) er en coronavirus som forårsager sygdommen COVID-19. SARS-CoV-2 blev identificeret først i Kina i december 2019. COVID-19 er erklæret for en international sundhedskrise og har forårsaget millioner af bekræftede infektioner hos mennesker. Detektion af SARS-CoV-2 infektion er vigtigt i forhold til diagnose og for at kunne bryde smittekæder.

18)	Litteratur Pentabase CoviDetect™ COVID-19 Multiplex RT-qPCR Assay In Vitro Diagnostic Assay for Detection of SARS-CoV-2 Instructions for use. Version 3.3 https://pentabase.com/wp-content/uploads/2021/06/CoviDetect-Instructions-For-Use-v.3.3_EN.pdf (Tilgået 2. maj 2022)

07.12.2022