Diarre-udredning

  
1) Indikation
2) Rekvisition
3) Prøvemateriale
4) Prøvemedie/prøvetagning
5) Transport/holdbarhed
6) Svartid
7) Analyse
8) Analysesvar samt tolkning
9) Princip for analysen
10) Konfirmation
11) Vejledning/rådgivning
12) Sensitivitet/specificitet
13) Kvalitetskontrol
14) Måleområde
15) CE mærkning/akkreditering
16) Andre oplysninger
17) Baggrund
18) Litteratur
  
1) 
Indikation

Akut diarré med høj feber og/eller påvirket almen tilstand; blodig diarré; kronisk diarré.

 
2) 
Rekvisition

Webreq: Diarre-udredning

 

Best/Ord: 59001


Undersøgelse: Diarre-udredning

Materiale: Podning

Lokalisation: Rektum

 
3) 
Prøvemateriale

Rektalpodning

 
4) 
Prøvemedie/prøvetagning

Rektalpodning tages med podepind med den børste, der følger med prøvesættet fecalSwab (orange skruelåg). Prøven bør tages før eventuel antibiotikabehandling.

 



Ved akut diarré tages initielt en enkelt prøve. Er denne negativ, og har patienten fortsat diarré, fremsendes yderligere to prøver. Ved længerevarende diarré (> 1 uge) kan 2 - 3 prøver taget fra forskellige afføringer fremsendes med det samme.

 

Tag podning med podepinden fra endetarmen. Podepinden må ikke føres mere end 2 cm op.
Røret skal endelig ikke fyldes op med fæces.
Skru låget af plastglasset, og stik podepinden ned i transportmediet med spidsen først. Knæk podepinden ved den farvede linje. Lad podepinden blive i røret, og skru låget på, så det er tæt.

Sæt stregkodeetiketten fra prøvetagningsblanketten på langs af røret.

 
5) 
Transport/holdbarhed

Prøven transporteres til Klinisk Mikrobiologisk Afdeling umiddelbart efter prøvetagning og skal være modtaget efter senest 3 døgn. Inden transport opbevares prøven ved 4° C.

 
6) 
Svartid

Analyserne udføres alle hverdage.

Gennemsnitlig analysetid fra modtagelse: To hverdage for svar på PCR-analyser.
For hospitalsprøver afgives foreløbige svar efterhånden som svar på de enkelte patogener foreligger. 
Praksisprøver slutsvares efter PCR-analyse, når alle svar foreligger.
For prøver, hvor der udføres efterfølgende subtypning vil subtypesvar foreligge efter 2-3 dage.
For prøver, hvor der udføres efterfølgende dyrkning og resistensbestemmelse, vil endeligt svar foreligge efter 1-3 dage yderligere.  

 
7) 
Analyse

En kombination af 3 forskellige multiplex kvalitative in-house PCR-analyser, der detekterer

  • tarmpatogene bakterier: Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, Yersinia spp. , Campylobacter spp. og Aeromonas spp.
  • diarre-fremkaldende E. coli: ETEC, VTEC (ikke-HUS eller mulig-HUS associeret), intiminproducerende E. coli / EPEC.
  • tarmpatogene virus: Norovirus (genogruppe I og II), Sapovirus (genogruppe, I, II og V),
    Rotavirus (gruppe A og C) og Adenovirus F (Serotype 40 og 41)


På prøver, der er positive for mulig HUS-associeret VTEC udføres supplerende subtypning, som bedre skelner mellem HUS- og ikke-HUS-associerede subtyper af VTEC. 


På hospitalsprøver positive for Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, Yersinia spp., Campylobacter spp., Aeromonas spp. eller VTEC foretages efterfølgende dyrkning med henblik på identifikation, resistensbestemmelse og evt. overvågning ved traditionel dyrkningsmetode.

På praksisprøver foretages kun dyrkning ved PCR-fund af Salmonella spp., Shigella spp./EIEC og VTEC med samme formål.


 
8) 
Analysesvar samt tolkning

Der svares ud for følgende patogener: Salmonella spp, Shigella spp./EIEC, Yersinia spp., Campylobacter spp., Aeromonas spp, ETEC, VTEC (mulig HUS-associeret), VTEC (ikke HUS-associeret), Intiminproducerende E. coli / EPEC, Norovirus, Sapovirus, Rotavirus, Adenovirus

 

Positivt svar: Påvist

Negativt svar: Ikke påvist

 

Virulensgener inkluderet i analysen for diarre-fremkaldende E. coli er: vtx1, vtx2 (for VTEC), ST og LT (for ETEC) og eae (for VTEC og intiminproducerende E. coli/EPEC). 


For eae-positive prøver uden forekomst af vtx-gener foretages ikke yderligere skelnen mellem intiminproducerende E. coli og EPEC. 


Ved fund af "mulig-HUS-associeret VTEC" udføres supplerende subtypebestemmelse på prøven. Dette giver et mere præcist svar på om den påviste VTEC er HUS-associeret (svarende til høj risiko for HUS) eller ikke-HUS-associeret (lav risiko for HUS). Prøven besvares "VTEC HUS-associeret subtype" påvist/ikke påvist; "VTEC, ikke-HUS-associeret subtype påvist/ikke påvist".


Ved fund af Intiminproducerende E. coli / EPEC forsynes svaret med følgende kommentar: "Kan have klinisk betydning hos børn under 5 år".


Alle positive fund af VTEC og dyrkningspositive fund af Shigella spp. og Salmonella typhii/paratyphii påføres kommentaren: "Bakterien er anmeldelsespligtig".

Anmeldelse foretages til SSI via blanket 1515 eller online via CEI.

 

Svarstrategi almen praksis:

Der slutsvares efter PCR-analyse.
Prøver positive for Salmonella spp., Shigella spp./EIEC  og VTEC vil af hensyn til overvågningen dyrkes og resistensbestemmes. Til praksis afgives dog yderligere svar ved dyrkningspositiv Shigella spp., hvor rekvirenten via svaret informeres om anmeldelsespligt og ved mulig HUS-associeret VTEC, særligt når yderligere subtypning foreligger eller ved kontrolprøver, hvor vækst/ikke vækst er af betydning for ophør af eventuelle kontrolforanstaltninger.

 

Svarstrategi hospital:

Der afgives foreløbige svar til hospital og endeligt svar, når alle analyser er udført.

Pga. den øgede sensitivitet, kan det forekomme, at der bliver påvist tarmpatogene bakterier ved PCR, men at resultatet ikke kan verificeres ved dyrkning.
I givet fald anvendes på prøver fra hospital kommentaren: "Den ved PCR påviste mikroorganisme kan ikke dyrkes. Hvis specifikt råd omkring evt. antibiotika behandling ønskes, kontakt venligst vagthavende kliniske mikrobiolog"

 

Tolkning af svar:

Negativ undersøgelse (Ikke påvist) udelukker ikke en bestemt sygdom. Påvisningen af patogene bakterier kan svigte, hvis prøven ikke er taget tidligt i sygdomsforløbet eller, hvis den er taget under antibiotikabehandling.


Positivt bakteriefund (Påvist) kan ses under aktuel sygdom; efter overstået sygdom som led i en oftest forbigående bærertilstand (som dog kan vare uger til måneder); og kan for enkelte af de tarmpatogene bakterier (Campylobacter spp., Yersinia spp. og Aeromonas spp.) være udtryk for en bærertilstand uden relation til sygdom.

 
9) 
Princip for analysen

For tarmpatogene bakterier, diarrefremkaldende E. coli og virus køres multiplex kvalitativ Realtime Nukleinsyre Amplifikation (Polymerase kædereaktion, PCR) på LightCycler TaqMan platform. 

Opformerede PCR produkter identificeres ved probehybridisering. Til detektion af diarrefremkaldende E. coli indgår følgende virulensgener: vtx1, vtx2, eae, ST, LT.

Prøver der er positive for vtx2, som er svaret "mulig-HUS-associeret VTEC" går til subtypning ved brug af Allplex STEC panelet fra Seegene. 

Ved positive fund af tarmpatogene bakterier dyrkes på specielle substrater med henblik på at påvise tarmpatogene bakterier.

 
10) 
Konfirmation

Alle fremdyrkede Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia spp. og VTEC sendes til nærmere identifikation og overvågning på SSI.

 
11) 
Vejledning/rådgivning

Hospital: Se evt. i app'en "Antibiotikavejledning" som downloades gratis via App Store eller Google Play.

 

For almen praksis: se "Antibiotikavejledning, Region H" på Sundhed.dk: https://www.sundhed.dk/sundhedsfaglig/praksisinformation/almen-praksis/hovedstaden/patientforloeb/forloebsbeskrivelser-icpc/a-alment-og-uspecificeret/antibiotikavejledning/

 

Særlige forholdsregler omkring HUS-associerede VTEC findes på Sundhedsstyrelsens hjemmeside "Retningslinjer for håndtering af hæmolytisk uræmisk syndrom (HUS) og verocytotoxinproducerende E. Coli (VTEC)"

 

Vagthavende mikrobiolog kan kontaktes på 3862 6443 (hospital) eller 3862 6445 (praksis).

 
12) 
Sensitivitet/specificitet

Tarmpatogene bakterier: 

Undersøgelsen detekterer ikke andre mikroorganismer.

 

Tarmpatogene virus:

Analysen har været sammenlignet med en kommerciel CE/IVD-godkendt metode, der påviste Rotavirus, Adenovirus F, Astrovirus og Norovirus. Der blev testet 197 kliniske prøver og den kommercielle metode påviste 0 Astrovirus, 4 Rotavirus-, 10 Adenovirus- og 12 Norovirus-infektioner. Den af KMA udviklede test genfandt de samme resultater. 
Den af KMA udviklede test påviste yderligere 1 Rotavirus-, 1 Adenovirus-, 5 Norovirus- og 4 Sapovirus-infektioner, som ikke påvistes i den kommercielle test. Sapovirus indgik ikke i den kommercielle test.
Ct-værdier for diskrepante prøver indikerede, at mængden af tilstedeværende virus var under detektionsgrænsen for den kommercielle test. 

 
13) 
Kvalitetskontrol

Intern QC: Intern hæmningskontrol inkluderes i hver prøve. Negative kontroller, samt positive Salmonella, Shigella, Yersinia, Campylobacter, Aeromonas og Norovirus kontroller inkluderes i hver analysekørsel.

Ekstern QC: QCMD-program og "External quality assessment scheme for Diarrefremkaldende Escherichia coli (DEC)" udsendt fra SSI.
Data publiceres på afdelingens hjemmeside.

 
14) 
Måleområde

Analyserne besvares kvalitativt.

 
15) 
CE mærkning/akkreditering

Nej

 
16) 
Andre oplysninger

Kliniske oplysninger er vigtige på rekvisitionen: Akut diarré/kronisk diarré.

Specielt skal oplyses rejseanamnese, blodig diarré, hospitalsophold, ophobning af diarrétilfælde i patientens nærhed. Ved mistanke om relation til måltid påføres dette rekvisitionen.

Har patienten kronisk diarré, bør patienten også undersøges for tarmparasitter.

For børn kan undersøgelse for tarmpatogene parasitter være indiceret ved akut diarré.


 
17) 
Baggrund

Akut gastroenteritis er hyppig og klinisk kan man ikke skelne mellem gastroenteritis forårsaget af forskellige bakterier, virus og parasitter. Der er indikation for prøvetagning hos den syge patient (med feber, blodig diarre), ved forudgående indlæggelse eller antibiotisk behandling, ved udbrud og ved vedvarende diarre (over en uges tid). Det bør overvejes tidligere i forløbet ved aldersekstremerne og hos den immun-inkompetente patient. Prøvetagningen bør omfatte bakterier og virus (diarreudredning), og ved langvarig diarre eller rejseanamnese overvejes at undersøge for tarmpatogene parasitter (bestilles separat: "tarmpatogene  parasitter undersøgelse for"). Ved forudgående indlæggelse eller antibiotisk behandling undersøges også for C. difficile (bestilles separat: Clostridium difficile undersøgelse for"), ligesom undersøgelse for C. difficile bør overvejes ved længerevarende diarre hos personer over 2 år.

Hvis der findes VTEC i prøven foretages supplerende subtypebestemmelse. Den primære PCR kan skelne nogle af de ikke-HUS-associerede VTEC, mens der er en resterende gruppe, den ikke kan skelne (svares mulig HUS-associeret VTEC). Den efterfølgende subtypning differentierer i denne gruppe mellem de subtyper, der er egentlig HUS-associerede og som indebærer en høj risiko for HUS (svares HUS-associeret subtype), og resten, der indebærer lav risiko for HUS (svares ikke-HUS-associeret subtype). 
Håndtering af de HUS-associerede VTEC er beskrevet i Sundhedsstyrelsens "Retningslinjer for håndtering af hæmolytisk uræmisk syndrom (HUS) og verocytotoxinproducerende E. Coli (VTEC)".

 
18) 
Litteratur

  • B. Olesen et al., Journal of Clinical Microbiology (2005) 43:3636-3641

23.09.2022