Diarre-udredning


	1)	Indikation
	2)	Rekvisition
	3)	Prøvemateriale
	4)	Prøvemedie/prøvetagning
	5)	Transport/holdbarhed
	6)	Svartid
	7)	Analyse
	8)	Analysesvar samt tolkning
	9)	Princip for analysen
	10)	Konfirmation
	11)	Vejledning/rådgivning
	12)	Sensitivitet/specificitet
	13)	Kvalitetskontrol
	14)	Måleområde
	15)	CE mærkning/akkreditering
	16)	Andre oplysninger
	17)	Baggrund
	18)	Litteratur

Indikation

Akut diarré med høj feber og/eller påvirket almen tilstand; blodig diarré; kronisk diarré.

Ved klinisk mistanke om infektion med toksinproducerende Clostridioides difficile, samt ved screening af FMT-donorer for Clostridioides difficile, bestilles WebReq: Clostridioides difficile Undersøgelse for, Best/Ord: 59120, da den specifikke undersøgelse for Clostridioides difficile er mere sensitiv end diarréundersøgelsen og således har højere negativ prædiktiv værdi.

2)	Rekvisition Webreq: Diarré-udredning Best/Ord: 59001 Undersøgelse: Diarré-udredning Materiale: Podning Lokalisation: Rektum

Prøvemateriale

Rektalpodning.

Hvis der er behov for mere end én rektalpodning til yderligere analyser (f.eks. Clostridioides difficile), anbefales det at indsende en fækalpodning (podet direkte fra afføring) i stedet. Flere rektalpodninger fra samme patient kan reducere mængden af prøvemateriale og dermed det diagnostiske udbytte.

Prøvemedie/prøvetagning

Rektalpodning tages med den podepind, der følger med prøvesættet FecalSwab (orange skruelåg). Prøven bør tages før eventuel antibiotikabehandling.

Ved akut diarré tages initielt en enkelt prøve. Er denne negativ, og har patienten fortsat diarré, kan prøvetagning evt. gentages.

Tag podning med podepinden fra endetarmen. Podepinden må ikke føres mere end 2 cm ind.
Røret skal endelig ikke fyldes op med fæces.

En fækal podning laves på følgende måde: Podepinden fra FecalSwab-pakning dyppes i fæcesprøven, så den lige er dækket af fæces. Ved flydende prøvemateriale skal podepinden suge og dækkes godt med fæces. Herefter overføres podepinden til prøverøret.

Skru låget af plastglasset, og stik podepinden ned i transportmediet med spidsen først. Knæk podepinden ved den farvede linje. Lad podepinden blive i røret, og skru låget på, så det er tæt.

Sæt stregkodeetiketten fra prøvetagningsblanketten på langs af røret.

5)	Transport/holdbarhed Prøven transporteres til Klinisk Mikrobiologisk Afdeling umiddelbart efter prøvetagning og skal være modtaget senest 3 døgn efter prøvetagning. Inden transport opbevares prøven ved 4 °C.

Svartid

Analyserne udføres alle hverdage.

Gennemsnitlig analysetid fra modtagelse: To hverdage for svar på PCR-analyser.
Prøver slutsvares efter PCR-analyse, når alle svar foreligger.

For prøver, hvor der udføres efterfølgende subtypning, vil subtypesvar foreligge efter 2-3 dage.

For prøver, hvor der udføres efterfølgende dyrkning og resistensbestemmelse, vil endeligt svar foreligge efter 1-3 dage yderligere.

Analyse

Genetic Signature (GS)-systemet fra Genetic Signatures med kittet "EasyScreen Pan-enteric Pathogen Detection Kit". Analysen undersøger altid samtidig forekomsten af 24 forskellige patogener.

Tarmpatogene bakterier: Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, Yersinia spp., ‌Clostridioides difficile*, Campylobacter spp. og Aeromonas spp.
Diarré-fremkaldende E. coli: ETEC, STEC (ikke-HUS eller mulig-HUS associeret), intiminproducerende E. coli/EPEC.
Tarmpatogene virus: Norovirus GII, Astrovirus, ‌Enterovirus, Sapovirus, ‌Norovirus GI, ‌Adenovirus 40/41 og ‌Rotavirus A

Tarmpatogene parasitter: Giardia lamblia/intestinalis, ‌Entamoeba histolytica og Cryptosporidium spp.

På prøver, der er positive for mulig HUS-associeret STEC, udføres supplerende subtypning, som bedre skelner mellem mulig HUS- og ikke-HUS-associerede subtyper af STEC.

På hospitalsprøver positive for Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, Yersinia spp., Campylobacter spp., Aeromonas spp. eller STEC foretages efterfølgende dyrkning med henblik på identifikation, resistensbestemmelse og evt. overvågning.

På praksisprøver foretages kun dyrkning ved PCR-fund af Salmonella spp., Shigella spp./EIEC og STEC med samme formål.

*Ved klinisk mistanke om infektion med toksin-producerende Clostridioides difficile, samt ved screening af FMT donorer for Clostridioides difficile, bestilles WebReq: Clostridioides difficile Undersøgelse for, Best/Ord: 59120, da den specifikke undersøgelse for Clostridioides difficile er mere sensitiv end diarréundersøgelsen og således har højere negativ prædiktiv værdi.

Analysesvar samt tolkning

Der svares ud for følgende patogener: Salmonella spp., Shigella spp./EIEC, Yersinia spp., Campylobacter spp., Aeromonas spp., ETEC, STEC (mulig HUS-associeret), STEC (ikke HUS-associeret), Intiminproducerende E. coli/EPEC, Norovirus GII, Astrovirus, ‌Enterovirus, Sapovirus, ‌Norovirus GI, ‌Adenovirus 40/41 og ‌Rotavirus A samt Giardia lamblia/intestinalis, ‌Entamoeba histolytica og Cryptosporidium spp.

Positivt svar: Påvist

Negativt svar: Ikke påvist

Inkonklusivt svar

Virulensgener inkluderet i analysen for diarré-fremkaldende E. coli er: stx1, stx2 (for STEC), ST og LT (for ETEC) og eae (for STEC og intiminproducerende E. coli/EPEC) og z3276 (for O157:H7), hvor sidstnævnte kan krydsreagere med et mindre antal andre O-typer, særligt O157:NM, O166:H28 og O166:H15.

For eae-positive prøver uden forekomst af stx-gener foretages ikke yderligere skelnen mellem intiminproducerende E. coli og EPEC.

Ved fund af "mulig-HUS-associeret STEC" udføres supplerende subtypebestemmelse på prøven. Dette giver et mere præcist svar på, om den påviste STEC er mulig-HUS-associeret (svarende til høj risiko for HUS) eller ikke-HUS-associeret (lav risiko for HUS). Prøven besvares "STEC, mulig-HUS-associeret subtype påvist/ikke påvist"; "STEC, ikke-HUS-associeret subtype påvist/ikke påvist".

Ved fund af intiminproducerende E. coli / EPEC forsynes svaret med følgende kommentar: "Kan have klinisk betydning hos børn under 5 år".

Alle positive fund af STEC mulig-HUS-associeret subtype og dyrkningspositive fund af Shigella spp. og Salmonella typhi/paratyphi påføres kommentaren: "Bakterien er anmeldelsespligtig". Anmeldelse foretages elektronisk i Sundhedsdatastyrelsens Elektroniske Indberetningssystem (SEI2) via blanketten "Smitsomme sygdomme".

Svarstrategi almen praksis:

Der slutsvares efter PCR-analyse.
Prøver positive for Salmonella spp., Shigella spp./EIEC og STEC vil af hensyn til overvågningen dyrkes og resistensbestemmes. Til praksis afgives dog yderligere svar ved dyrkningspositiv Shigella spp., hvor rekvirenten via svaret informeres om anmeldelsespligt, og ved mulig HUS-associeret STEC, særligt når yderligere subtypning foreligger, eller ved kontrolprøver, hvor vækst/ikke vækst er af betydning for ophør af eventuelle kontrolforanstaltninger.

Svarstrategi hospital:

Der afgives svar til hospital, når alle analyser er udført.

På grund af den øgede sensitivitet, kan det forekomme, at der bliver påvist tarmpatogene bakterier ved PCR, men at resultatet ikke kan verificeres ved dyrkning.
I givet fald anvendes på prøver fra hospital kommentaren: "Den ved PCR påviste mikroorganisme kan ikke dyrkes. Hvis specifikt råd omkring evt. antibiotikabehandling ønskes, kontakt venligst vagthavende kliniske mikrobiolog."

Tolkning af svar:

Negativ undersøgelse (Ikke påvist) udelukker ikke en bestemt sygdom. Påvisningen af patogene bakterier kan svigte, hvis prøven ikke er taget tidligt i sygdomsforløbet eller hvis den er taget under antibiotikabehandling.

Positivt bakteriefund (Påvist) kan ses under aktuel sygdom; efter overstået sygdom som led i en oftest forbigående bærertilstand (som dog kan vare uger til måneder); og kan for enkelte af de tarmpatogene bakterier (Campylobacter spp., Yersinia spp. og Aeromonas spp.) være udtryk for en bærertilstand uden relation til sygdom.

Princip for analysen

For tarmpatogene bakterier, diarré-fremkaldende E. coli, parasitter og virus køres multiplex, kvalitativ Realtime Nukleinsyre Amplifikation (Polymerase kædereaktion, PCR) på GS-systemet, en kommerciel analyseplatform, der er sat op til at køre én metode med kittet "EasyScreen Pan-enteric Pathogen Detection Kit" (PE001, Genetic Signatures).

Analysen undersøger altid samtidig forekomsten af 24 forskellige patogener. Til detektion af diarré-fremkaldende E. coli indgår følgende virulensgener: stx1, stx2, eaeA, ST, LT og z3276.

Prøver, der er positive for stx2, som er svaret "mulig-HUS-associeret STEC" går til subtypning ved brug af in-house PCR. Positive fund af tarmpatogene bakterier dyrkes på specielle substrater med henblik på at påvise tarmpatogene bakterier.

10)	Konfirmation Alle fremdyrkede Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia spp. og STEC sendes til nærmere identifikation og overvågning på SSI.

11)

Vejledning/rådgivning

Hospital: Se evt. https://antibiotika.dk/

For almen praksis: se "Antibiotikavejledning, Region H" på Sundhed.dk: https://www.sundhed.dk/sundhedsfaglig/praksisinformation/almen-praksis/hovedstaden/patientforloeb/forloebsbeskrivelser-icpc/a-alment-og-uspecificeret/antibiotikavejledning/

Særlige forholdsregler omkring HUS-associerede STEC, Shigella/EIEC og Salmonella Typhi/Paratyphi findes på Sundhedsstyrelsens hjemmeside i "Vejledning om håndtering af særlige tarmpatogene bakterier. HUS-associerede STEC, Shigella/EIEC, Salmonella Typhi/Paratyphi (2025)."

Vagthavende mikrobiolog kan kontaktes på 3862 6443 (hospital) eller 3862 6445 (praksis).

12)	Sensitivitet/specificitet Se EasyScreen™ Pan-Enteric Pathogen Detection Kit (PE001) User Guide fra Genetic Signatures.

13)

Kvalitetskontrol

Intern QC:

EC (Extraction control), LEPC (Lysed Extraction Process Control), IPC (Internal Positive Control) samt EEC (E.coli Extraction Control).

Ekstern QC:

QCMD-program og "External quality assessment scheme for Diarré-fremkaldende Escherichia coli (DEC)" udsendt fra SSI.

14)	Måleområde Analyserne besvares kvalitativt.

15)	CE mærkning/akkreditering Nej

16)	Andre oplysninger Kliniske oplysninger er vigtige på rekvisitionen: Akut diarré/kronisk diarré. Specielt skal oplyses: rejseanamnese, blodig diarré, hospitalsophold, ophobning af diarré-tilfælde i patientens nærhed. Ved mistanke om relation til måltid påføres dette rekvisitionen.

17)

Baggrund

Akut gastroenteritis er hyppig, og klinisk kan man ikke skelne mellem gastroenteritis forårsaget af forskellige bakterier, virus og parasitter. Der er indikation for prøvetagning hos den syge patient (med feber, blodig diarré), ved forudgående indlæggelse eller antibiotisk behandling, ved udbrud og ved vedvarende diarré (over en uges tid). Det bør overvejes tidligere i forløbet ved aldersekstremerne og hos den immun-inkompetente patient.

Hvis der påvises STEC-gener i prøven, foretages supplerende subtypebestemmelse. Den primære PCR kan skelne nogle af de ikke-HUS-associerede STEC, mens der er en resterende gruppe, den ikke kan skelne (svares mulig HUS-associeret STEC). Subtypebestemmelsen skelner mellem stx2acd og non-stx2acd. Subtyperne stx2a og stx2d er associeret med høj risiko for HUS. Subtypen stx2c er, så vidt vides, ikke associeret med øget risiko for STEC, men de tre subtyper stx2a, stx2d og stx2c kan ikke skelnes fra hinanden i analysen, hvorfor de svares ud som mulig HUS-associeret. Alle andre non-stx2acd svares som ikke-HUS-associeret subtype.

På samfundsniveau ønsker man at begrænse smittespredning med høj-risiko STEC, og patienter med disse subtyper, som er daginstitutionsbørn eller voksne i følsomt erhverv, bliver underlagt særlige karantæneforanstaltninger.

Håndtering af de HUS-associerede STEC er beskrevet i Sundhedsstyrelsens "Vejledning om håndtering af særlige tarmpatogene bakterier".

Clostridioides difficile kan forekomme som en del af den normale tarmflora hos mange børn under 2 år uden klinisk betydning. Den kan også påvises hos en mindre andel af raske voksne.

Giardia intestinalis, Cryptosporidium hominis/parvum og Entamoeba histolytica er tre af de vigtigste patogene protozoer, som forårsager diarré i Danmark. Mens E. histolytica kun forekommer rejserelateret, kan infektioner med Giardia intestinalis og Cryptosporidium spp. også erhverves i Danmark.

18)	Litteratur B. Olesen et al., Journal of Clinical Microbiology (2005) 43:3636-3641

Bilag:
PE001 User Guide v4 11FEB2026.pdf

Bilag: PE001 User Guide v4 11FEB2026.pdf (pdf)

29.10.2026