Hepatitis C virus (genotypning)

  
1) Indikation
2) Rekvisition
3) Prøvemateriale
4) Prøvemedie/prøvetagning
5) Transport/holdbarhed
6) Svartid
7) Analyse
8) Analysesvar samt tolkning
9) Princip for analysen
10) Konfirmation
11) Vejledning/rådgivning
12) Sensitivitet/specificitet
13) Kvalitetskontrol
14) Måleområde
15) CE mærkning/akkreditering
16) Andre oplysninger
17) Baggrund
18) Litteratur
  
1) 
Indikation

Undersøgelsen anbefales ved kronisk infektion med Hepatitis C virus (HCV), hvor antiviral behandling overvejes, og hvor HCV genotype ikke tidligere er bestemt. Klinisk mikrobiologisk afdeling udfører HCV genotypning på alle nye HCV-Ab+ og HCV-RNA+ prøver

 
2) 
Rekvisition

WebReq: Udbydes ikke til praksis

 

Best/Ord: NPU57507


 
3) 
Prøvemateriale

EDTA plasma; min. 0,5 ml

 
4) 
Prøvemedie/prøvetagning

EDTA glas




 
5) 
Transport/holdbarhed

Fuldblod kan opbevares ved stuetemperatur i op til 6 timer, og som hovedregel bør prøven centrifugeres inden 6 timer, og plasma overføres til SAT-rør. Hvor særlige logistiske forhold gør sig gældende, er det acceptabelt at analysere prøver, hvor plasma er separeret op til 9 timer efter prøvetagning, idet den kliniske værdi af et analysesvar klart opvejer en evt. bekymring over en begrænset forringelse af analysens præcision. Plasma kan opbevares i køleskab 2-8° C i op til 5 døgn, og ved - 20° C i op til 60 døgn.
Langtidsopbevaring er ved - 80° C.

 
6) 
Svartid

Analysen foretages en gang om måneden. Med mindre patienten er kendt med kronisk HCV-infektion, foretages typisk først analyse for HCV-Ab og HCV-RNA. En samlet svartid, fra blodprøvetagning til svar på HCV-genotype foreligger, kan være 5-6 uger.

 
7) 
Analyse

Laboratorieudviklet test.

 
8) 
Analysesvar samt tolkning

Undersøgelsens navn: Hepatitis C virus (genotypning).

Genotype og subtype rapporteres. Såfremt PCR-amplifikation af prøven ikke giver aflæselige resultater, besvares prøven "HCV genotypning ikke mulig, idet HCV-RNA er for lavt til analysen". Ved viralload <10.000 IU/ml kan genotypen ikke bestemmes.


 
9) 
Princip for analysen

PCR amplifikation af HCV C/E1 og NS5B efterfulgt af sekventering. Genotype og subtype fastsættes ved fylogenetisk analyse med referencesekvenser og tillige ved BLAST-søgning i Los Alamos Hepatitis C Virus database. Analysen er beskrevet i (2).


 
10) 
Konfirmation

Analysen konfirmeres internt, idet der opnås genotyper fra såvel C/E1 og NS5B, og disse forventes kongruente.

 
11) 
Vejledning/rådgivning

Klinisk Mikrobiologisk Afdelings vagthavende læge tlf. 38 62 64 43.



 
12) 
Sensitivitet/specificitet

Der opnås som hovedregel bestemmelse af genotype og subtype, såfremt HCV-RNA er > 10.000 IU/mL.

 
13) 
Kvalitetskontrol

Intern QC:
Negativ og positive kontroller.

Ekstern QC: 

Analysen er tilmeldt afdelingens program for ekstern kvalitetskontrol (NEQAS).


 
14) 
Måleområde

Alle HCV genotyper 1-7 bestemmes.

 
15) 
CE mærkning/akkreditering

Nej

 
16) 
Andre oplysninger
Analysen giver mulighed for at se efter Resistance-associated polumorphisms (resistens-associerede mutationer). KMA skal kontaktes ved behov for dette.

 
17) 
Baggrund

Infektion med HCV forårsager en kronisk infektion hos 60-80 % af de smittede. HCV inddeles i 7 genotyper (1-7) og 67 subtyper på grundlag af genetisk beslægtethed (1). Hver genotype indeholder flere subtyper.
Den antivirale behandling er afhængig af HCV-genotype ifølge nuværende behandlingsrekommendationer.

 
18) 
Litteratur

  1. DB Smith et al.: Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment resource. Hepatology (2014); 59:318-327.
  2. Clausen et al.: Interleukin-28B polymorphisms are associated with hepatitis C virus clearance and viral load in a HIV-1-infected cohort. J. Viral Hepat. (2011) 18:e66-74.

11.10.2022