Hepatitis C virus (genotypning)


	1)	Indikation
	2)	Rekvisition
	3)	Prøvemateriale
	4)	Prøvemedie/prøvetagning
	5)	Transport/holdbarhed
	6)	Svartid
	7)	Analyse
	8)	Analysesvar samt tolkning
	9)	Princip for analysen
	10)	Konfirmation
	11)	Vejledning/rådgivning
	12)	Sensitivitet/specificitet
	13)	Kvalitetskontrol
	14)	Måleområde
	15)	CE mærkning/akkreditering
	16)	Andre oplysninger
	17)	Baggrund
	18)	Litteratur

Indikation

Undersøgelsen anbefales ved kronisk infektion med Hepatitis C virus (HCV), hvor antiviral behandling overvejes, og hvor HCV genotype ikke tidligere er bestemt. Klinisk mikrobiologisk afdeling udfører HCV genotypning på alle nye HCV-Ab+ og HCV-RNA+ prøver. Herudover udføres HCV genotypning på alle HCV-RNA prøver med viralload >10.000 IU/ml, hvis der ikke er lavet genotypebestemmelse indenfor det sidste halve år.

2)	Rekvisition WebReq: Udbydes ikke til praksis Best/Ord: NPU57507

3)	Prøvemateriale EDTA plasma; min. 0,5 ml

4)	Prøvemedie/prøvetagning EDTA glas

Transport/holdbarhed

Fuldblod kan opbevares ved stuetemperatur i op til 6 timer, og som hovedregel bør prøven centrifugeres inden 6 timer, og plasma overføres til SAT-rør. Hvor særlige logistiske forhold gør sig gældende, er det acceptabelt at analysere prøver, hvor plasma er separeret op til 9 timer efter prøvetagning, idet den kliniske værdi af et analysesvar klart opvejer en evt. bekymring over en begrænset forringelse af analysens præcision. Plasma kan opbevares i køleskab 2-8° C i op til 5 døgn, og ved - 20° C i op til 60 døgn.

Langtidsopbevaring er ved - 80° C.

6)	Svartid Analysen foretages en gang om måneden. Medmindre patienten er kendt med kronisk HCV-infektion, foretages typisk først analyse for HCV-Ab og HCV-RNA. En samlet svartid, fra blodprøvetagning til svar på HCV-genotype foreligger, kan være 5-6 uger.

7)	Analyse Laboratorieudviklet test.

Analysesvar samt tolkning

Undersøgelsens navn: Hepatitis C virus (genotypning)

Genotype og subtype rapporteres.

Hvis der ikke foreligger et nyt svar på HCV-RNA udføres dette inden genotypning. Ved viralload <10.000 IU/ml kan genotypen ikke bestemmes.

Prøver bestilt til genotype, hvor sekventering ikke lykkes eller ikke udføres:

HCV positive prøver med konc. <1E4 (10.000) IU/ml som ikke har været forsøgt sekventeret udsvares med kommentaren: "Prøven kan ikke genotypes, da HCV RNA er for lav"
HCV positive prøver med konc. <1E4 (10.000) IU/ml som har været forsøgt sekventeret udsvares med kommentaren: "Prøven har været forsøgt sekventeret, kan ikke genotypes grundet for lav HCV RNA"
HCV positive prøver med konc. >1E4 (10.000) IU/ml som har været forsøgt sekventeret 2x udsvares med kommentaren: "Prøven har været forsøgt sekventeret to gange, kan ikke genotypes, dårlig sekventeringskvalitet, ny prøve udbedes"
HCV negative prøver (konc. 0) udsvares med kommentaren: "Prøven kan ikke genotypes, da der ikke kan påvises HCV"

Særtilfælde:

Hvis der er behov for at henvise til resultat i en anden prøve, selvom prøven IKKE er bestilt som genotype (fx ved ønske om genotype i "kliniske oplysninger") eller hvis prøven er bestilt som genotype men anden prøve er genotypet, udsvares med kommentaren: "OBS: HCV-genotypning udført på anden prøve."

Princip for analysen

HCV RNA omdannes til dsDNA med en SMART-Seq baseret metode med en enkelt primer rettet mod den konserverede polypyrimidine tract (polyU/UC) i 5' enden af HCV genomet. Prøven sekventeres med long-read teknologi (Oxford Nanopore). Målet er at opnå fuld genomisk coverage. Genotype og subtype fastsættes ved fylogenetisk analyse med referencesekventer og tillige ved BLAST-søgning i HCV repræsentative genotyper fra ”the International Committee on Taxonomy of Viruses” (ICTV).

10)

Konfirmation

Analysen konfirmeres internt i kraft af den bioinformatiske kvalitetssikrings procedure. Kriterier: coverage >30. Mindst 1000 bp hvoraf 500 bp ikke er i 5' eller 3' enden af HCV genomet. Endelig udføres en blast søgning for alle contigs i en kørsel mod kørslen + intern database som tjek for kontaminering mellem prøver eller bleedover.

11)	Vejledning/rådgivning Klinisk Mikrobiologisk Afdelings vagthavende læge tlf. 3862 6443.

12)	Sensitivitet/specificitet Der opnås som hovedregel bestemmelse af genotype og subtype, såfremt HCV-RNA er > 10.000 IU/mL.

13)	Kvalitetskontrol Intern QC: Negativ kontrol. Ekstern QC: Analysen er tilmeldt afdelingens program for ekstern kvalitetskontrol (NEQAS).

14)	Måleområde Alle HCV genotyper 1-8 bestemmes.

15)	CE mærkning/akkreditering Nej

16)	Andre oplysninger Analysen giver mulighed for at se efter Resistance-associated polymorphisms (resistens-associerede mutationer). KMA skal kontaktes ved behov for dette.

17)

Baggrund

Infektion med HCV forårsager en kronisk infektion hos 60-80 % af de smittede. HCV inddeles i 8 genotyper (1-8) og over 70 subtyper på grundlag af genetisk beslægtethed (1). Hver genotype indeholder flere subtyper.

Den antivirale behandling er afhængig af HCV-genotype ifølge nuværende behandlingsrekommendationer.

18)	Litteratur DB Smith et al.: Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment resource. Hepatology (2014); 59:318-327.

07.02.2025